Cảng Thâm Quyến nằm kề cảng Hồng Kông (cách 20 hải lý). Năm 2005, cảng này xếp thứ 4 thế giới về khối lượng container (16,2 triệu TEU). Sân bay quốc tế Bảo An Thâm Quyến cách trung tâm thành phố 35 km có các chuyến bay quốc tế. Đường sắt và đường bộ hiện đại nối liền với Hồng Kông và các thành phố khác của Trung Quốc. Tàu điện ngầm bắt đầu vận hành từ ngày 27 tháng 12 năm 2004, có 2 tuyến. Từ Thâm Quyến có thể đi Châu Hải, Ma Cao, Hồng Kông, Sân bay quốc tế Hồng Kông bằng tàu thủy cao tốc.